Het Museum Vlaamse Minderbroeders is niet zomaar een museum voor religieuze kunst. Het bekleedt een unieke plaats in het museale landschap in Vlaanderen.
Het museum beheert het religieuze erfgoed van de orde; de voorwerpen die reeds opgenomen zijn in de collectie van het museum, maar ook het patrimonium dat zich nog bevindt in de kloosters, verspreid over gans Vlaanderen.

De collectie van het museum bestaat voornamelijk uit religieuze kunstvoorwerpen: schilderijen (16de-19de eeuw), beelden (14de-19de eeuw), iconen, grafiek, liturgisch zilver en textiel, een franciscaans graduale (1515), devotionalia, relieken,….
Deze zijn afkomstig van verschillende kloosters van de Vlaamse Minderbroedersprovincie. Het gaat om kloosters die reeds gesloten zijn of kloosters die herleid zijn tot kleinere huizen.